臺灣光復之初遺有以日據時期會社、組合、神明會名義登記等地籍登記不完整或與現行法令規定不符之情形，因該等情形存在已久，不僅影響土地之有效利用，亦妨礙民眾財產權利之行使。內政部為澈底解決上述地籍問題，爰制定「地籍清理條例」，經總統於96年3月21日公布，並於97年7月1日起施行。為利地籍清理工作順利進行，內政部訂定「地籍清理實施計畫(第一期)」及「地籍清理實施計畫(第二期)」，將應清理之土地及建物分年分類辦理清理，辦理期程分別自97年1月1日起至102年12月31日止及自103年1月1日起至108年12月31日止，依各年度清理土地類型如下：
(一) 97年度
1、神明會土地之清理
神明會係同信仰一個神佛之會員或信徒，集資購置財產，每年以其收益辦理該神佛祭典之組織，其名稱通常稱為「會」、「社」、「堂」，亦有稱「季」、「盟」、「閣」、「亭」、「祠」、「祀典」者，其表明神明會意義之名稱上，冠以神佛之名稱或特定公號之名。由於神明會並非法人，無權利能力，自不得為不動產登記之權利主體，依地籍清理條例規定，神明會申報清理後應成立法人，並就其土地辦理法人更名登記，或依其規約或經會員或信徒過半數書面同意，就其土地登記為現會員或信徒分別共有或個別所有。
2、38年12月31日以前登記之抵押權之清理
臺灣光復初期辦理土地權利憑證繳驗之申報期限(38年12月31日)以前登記之抵押權，迄今尚未塗銷者，影響土地的使用甚鉅，為兼顧所有權人及抵押權人之權益，並促進土地利用，依地籍清理條例規定，土地或建物所有權人得申請塗銷登記。如因塗銷登記造成抵押權人之損害，由該所有權人負損害賠償責任。
(二) 98年度
1、34年10月24日以前登記之限制登記之清理
臺灣光復（34年10月24日）以前之查封、假扣押、假處分登記迄今尚未塗銷者，不僅限制土地所有權人處分其土地權利，致影響土地利用，對於債權之保全亦無實益，依地籍清理條例第30條規定，土地所有權人得申請塗銷登記，經登記機關公告3個月，期滿無人異議者，塗銷之。如因塗銷登記造成債權人之損害，由土地所有權人負損害賠償責任。
2、45年12月31日以前登記之未定期限地上權之清理
臺灣光復初期辦理土地總登記時，其上有建物之土地為共有，或建物與其基地不同一人所有，按當時規定，建物應同時辦理地上權登記，其合理性有待斟酌。該等地上權登記，均發生於45年12月31日以前，其定有期限者，期限多已屆滿；至未定有期限者，如地上權人姓名或住所不詳，土地所有權人難以會同其申請地上權塗銷登記，且土地上無地上權人之建物或其他工作物者，顯然地上權人未行使其權利，而該地上權登記非但未能促進土地利用，對於土地所有權人及後順位他項權利人等利害關係人權益影響甚鉅。此類地上權依地籍清理條例第29條規定，土地所有權人得申請塗銷登記，經登記機關公告3個月，期滿無人異議者，塗銷之。如因塗銷登記造成地上權人之損害，由土地所有權人負損害賠償責任。
3、日據時期會社或組合土地之清理
日據時期之會社、組合，性質類似現今之公司法人、合作社，臺灣光復後如未依法辦理公司、法人登記，即不具法人資格，依法不應為登記主體。依地籍清理條例第二章相關規定，應由原權利人或其繼承人申請更正登記。
4、38年12月31日以前非以法定物權名稱登記者之清理
現存以典權或臨時典權名義登記之不動產質權、贌耕權、賃借權及其他非以法定不動產物權名稱登記之土地權利，多為臺灣光復初期辦理土地權利憑證繳驗之申報期限(38年12月31日)以前由權利人按日據時期登記之土地權利名稱申報登記者，或由日據時期土地登記簿轉載者，依法非屬應登記之物權，影響土地所有權人權利之行使，於地籍管理上亦有困擾。依地籍清理條例第27條規定，由登記機關公告3個月，期滿無人異議，逕為塗銷登記。
(三) 99年度
1、寺廟或宗教團體土地之清理
(1)原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理使用收益者：
原以寺廟或宗教團體名義登記，於34年10月24日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者，依地籍清理條例第34條及第36條規定，經登記名義人同意或其繼承人同意，由該寺廟或宗教團體，檢附證明文件向土地所在地直轄市或縣（市）主管機關申報，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，發給證明書，再據以向該管登記機關申請更名登記。
如登記名義人為行蹤不明或住址資料記載不全之自然人；或為未依地籍清理條例第17條規定申請更正之會社或組合，且無股東或組合員名冊者，得由該寺廟或宗教團體檢附相關證明文件，並切結真正權利人主張權利時，該寺廟或宗教團體願負返還及法律責任後申報。
(2)以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用者：
目前部分依法登記之寺廟或宗教性質之法人使用之土地，係以神祇或未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記為所有權人，其能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，依地籍清理條例第35條及第36條規定，由該已依法登記之寺廟或宗教性質之法人於申報期間內，檢附證明文件，向土地所在地之直轄市或縣（市）主管機關申報，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，發給證明書，再據以向該管登記機關申請更名登記；如未能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，為協助現使用之寺廟或宗教團體取得該土地所有權，依地籍清理條例第37條及第38條規定，由現使用之寺廟或宗教性質法人，於申報期間內，向土地所在地之直轄市或縣（市）主管機關，按當期公告土地現值，申請代為讓售予該寺廟或宗教性質之法人，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，並限期繳納價款後，發給土地權利移轉證明書，再據以向該管登記機關申請移轉登記。
(3)日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，地籍清理條例施行時登記為公有土地者：
日據時期已移轉為寺廟或宗教團體所有而未辦理移轉登記，或移轉後為日本政府沒入，致光復後被接收登記為公有，但自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者，依地籍清理條例第39條及寺廟或宗教團體申請贈與公有土地辦法規定，由該已依法登記之募建寺廟或該宗教性質之法人向土地管理機關就其實際管理、使用或收益範圍，申請贈與之，再據以向該管登記機關申請贈與登記。
2、土地總登記時登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符土地之清理
土地總登記時登記名義人之姓名與戶籍有同音異字、筆劃錯誤，或住址與戶籍記載不符、不全等情形，依地籍清理條例第32條規定，土地權利人或利害關係人應於申請登記期間內件附證明文件申請更正登記。
(四) 100年度
清理各共有人登記的權利範圍合計不等於一的共有土地
清理各共有人登記的權利範圍合計不等於一的共有土地
針對共有的土地，但各共有人之權利範圍（土地持分）合計不等於一，此類土地顯見乃於申辦登記時發生了錯誤所致，應依下列方式妥處：
1、如有原始登記原因證明文件（如買賣契約書等）或其他可足資證明文件，由地政事務所依該等證明文件資料，逕為辦理土地持分更正登記。
2、倘清查後仍無相關資料可供辦理更正，由地政事務所將持分合計不等於一之土地造冊送直轄市或縣（市）政府辦理公告，並受理持分錯誤的共有人之一申請更正登記。
(1)持分錯誤的共有人過半數及其持分合計過半數的同意即可申請，並無須經他項權利人的同意，而且不受限制登記的影響。
(2)持分錯誤的共有人如未於申請登記期限內申請更正登記，將由地政事務所依地籍清理條例第31條規定按持分錯誤共有人持分比例計算新持分，逕為辦理更正登記。
(五) 101年度
權利主體不明土地之清理
非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記，同時又非屬已公告清理的日據會社、組合、神明會及非屬以祭祀公業名義登記、具有祭祀公業性質及事實者，經直轄市、縣（市）政府清查地籍後，予以公告納入地籍清理範圍。
依地籍清理條例規定，經直轄市、縣（市）政府公告屬此類應清理土地，利害關係人應於申請登記期間內檢附足資證明文件，向登記機關申請更正登記；利害關係人如發現直轄市、縣（市）政府公告事項有清查錯誤時，應檢附相關證明文件向該管直轄市、縣（市）政府申請查明。
(六)102年度
登記名義人統一編號為流水編土地之清理
為賡續辦理完成地籍清理工作，內政部擬具「[地籍清理第2期實施計畫]」，業奉行政院102年5月21日院臺建字第1020030191號函核定，預定自103年1月至108年12月止，除持續辦理前述代為標售或囑託國有登記作業外，另外增加清理登記名義人統一編號為流水編者之清理工作，以期達成健全地籍管理、促進土地利用及提升政府效能。
(七)104年度
所有權權利範圍登記空白土地之清理
土地總登記時登記名義人登記之所有權權利範圍空白且現仍空白者，除依原始登記原因證明文件或其他足資證明之資料，得由登記機關逕為辦理更正登記者外，由權利人於申請登記期間內，申請更正登記。
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